Η πρόθεση του Γιάννη Πανάρετουγια κατάργηση του Ιδρύματος κατατέθηκε μετά από ακραίες περιπτώσεις οικογενειοκρατίας, καθώς και παρατυπίες, στο Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας.
Το Πανεπιστήμιο Αθηνών τάχθηκε εξαρχής ενάντια στην κατάργηση του τμήματος, ενώ και ο μητροπολίτης Σεραφείμ έκανε λόγο για δόλιο σχεδιασμό κατάργησης του Ομολογιακού χαρακτήρα τωνΘεολογικών Σχολών και την κατάπτωσή τους σε Θρησκειολογικά Προγράμματα.
Παρά την αρνητική απάντηση των πρυτανικών αρχών, η απόφαση για κατάργηση του συγκεκριμένουΤμήματος και συγχώνευσής του με αυτό της Θεολογίας εναπόκειται στο υπουργείο Παιδείας, που δεν έχει ακόμα λάβει οριστική απόφαση.
